Q:

Что такое "Вращение в Кватернионах"?

За что отвечает графа "Вращение в Кватернионах"? 

Изменение значения само по себе ни к чему не приводит.

Но при общем изменение/вращение кости - значение тоже меняется.

A:

Кватернионы это альтернатива вращению в углах. Углы в принципе неидеальны, например из-за Gimbal Lock, когда при вращении оси складываются и теряется степень свободы. В принципе не существует идеальной системы вращения, поэтому существуют альтернативные варианты, такие как кватернионы.
Прежде всего разделите в своем сознании углы Эйлера и кватернионы, углы измеряются в градусах и радианах, кватернионы  больше похожи на 4-хмерный вектор, и W-составляющая имеет такое-же значение как остальные три. X,Y,Z и W - равноценны.
Лучше всего эту тему расписывает James Grime, если вы понимаете по-английски. Если это не совсем понятно опишу так. 
Представьте себе 3-хмерный вектор. Это не кватернион, однако похож на него:

Угол, который образует вектор с вертикальными и горизонтальными плоскостями, можно выразить через этот вектор. Однако, в отличие от кватерниона, нельзя выразить поворот вектора вокруг своей оси. Вообще сравнение кватерниона и вектора некорректно с точки зрения математики, но мы опустим это и рассмотрим второй пример, допустим, координаты вектора 0,0,1.

Нетрудно догадаться, что вектор с такими координатами смотрит вертикально вверх. Теперь вектор 0,0,2. Каким образом он ориентирован? Абсолютно так-же. Да, он длиннее, но поворот такой-же. Таким образом, как ни масштабируй вектор, он не будет поворачиваться. Точно так-же и вы, изменяя W-составную кватерниона изменяете его длину, но не поворот. Отметим так-же что тоже самое будет и с кватернионами 1,0,0,0; 0,1,0,0; 0,0,1,0 и 0,0,0,1, так как X,Y,Z,W - равноценны.
Это свойство верно и для кватернионов. Вы увеличиваете одну часть комплекстного числа, это меняет "величину", но не поворот.
Вы можете подумать, что кватернионы содержат излишнюю информацию, возможно это и так. Но их любят в программировании за то что можно повернуть на нужный угол объект, каким бы самым сложным образом он бы был не развернут, просто перемножив кватернионы друг на друга.
Сравнение анимации поворота через углы Эйлера и кватернионы
Почему же когда вы поворачиваете объект, W меняется?
Поворот в системе кватернионов выполняется умножением одного кватерниона на другой. А любой поворот не равный 90 градусам всегда выражен как минимум 2мя составляющими. Вот вам и изменение 2х частей одновременно.
См так-же:
Статья на википедии
Что такое кватернион — объяснение человеческим языком
Кватернионы для чайников
Каверзные кватернионы

